1340 wurde Billmuthausen erstmals als Billmuthehusen erwähnt. Das Dorf war im Kern ein Rittergut. 1840 standen in Billmuthausen 14 Häuser, eine Mühle und eine Kirche, um 1850 hatte das Dorf 68 Einwohner. Die Mühle hatte ein Mahl- und ein Schleifwerk, eine eigene Wasser-und Stromversorgung und ein Backhaus. Das Rittergut umfasste etwa 226 Hektar Landwirtschaftliche Nutzfläche und Wälder. Billmuthausen gehörte bis 1918 zum Amt Heldburg im Herzogtum Sachsen-Meiningen, danach zum Land Thüringen. Das Schicksal des Dorfes nach dem Zweiten Weltkrieg wurde von seiner unmittelbaren Lage an der innerdeutschen Grenze bestimmt. Zunächst war Billmuthausen amerikanisch besetzt, dann rückte im Juli 1945 die Rote Armee gemäß Zonenprotokoll der Alliierten in das Dorf ein. Das Rittergut wurde enteignet, der Gutsbesitzer verhaftet, im KZ Buchenwald ermordet und seine Familie nach Rügen deportiert. Das Land wurde während der Bodenreform verteilt. 1948 wurde auf Befehl der russischen Besatzungsmacht (SMAD-Befehl 209 vom 9. September 1947) das 1836 erbaute Gutshaus abgerissen. Ab 1952 lag das Dorf in der von den DDR-Behörden geschaffenen Sperrzone. Im gleichen Jahr flüchteten sieben Familien mit 34 Personen und aller beweglichen Habe über die Grenze nach Bayern. Beim militärischen Ausbau der Grenze hat man das Wehr für den Mühlgraben zerstört und damit der Mühle das Wasser abgegraben. 1961 wurden zwei Familien zwangs ausgesiedelt (Aktion Kornblume, siehe auch Aktion Ungeziefer). 1965 ordneten die Behörden den Abriss der Dorfkirche an. Die Grenzanlagen wurden mitten durch das Dorf gebaut. Nachdem der innere Grenzzaun errichtet worden war, waren die Mühle und die Bergkeller vom Dorf getrennt. 1977 ließen die Behörden die Mühle abreißen und verkündeten die vollständige Räumung des Dorfes. Unter dem Druck der Politbürokratie wurde Haus für Haus geräumt und danach sofort abgerissen. 1978 hat man die letzte Familie deportiert und das Dorf vollständig geschleift. Die Räumung des Friedhofs war geplant, wurde aber wegen des Widerstands der ehemaligen Bewohner nicht vollzogen. So wurde aus dem thüringischen Dorf Billmuthausen eine politische Wüstung.
In Telefonbüchern, Atlanten und Verzeichnissen der DDR wurde der Ort Billmuthausen auch nach der Wüstlegung weitergeführt. Der Eintrag im letzten DDR-Postleitzahlenverzeichnis lautete DDR-6111 Billmuthausen Post Bad Colberg; er wurde unverändert ins erste gesamtdeutsche Postleitzahlenverzeichnis vom Juni 1990 übernommen. Selbst als 1993 für Deutschland neue fünfstellige Postleitzahlen eingeführt wurden, bekam Billmuthausen die neue Postleitzahl 98663 zugewiesen
Geblieben sind der Friedhof und ein Transformatorenturm. Erhalten geblieben sind auch die Kirchenglocken (heute im Otto-Ludwig-Museum in Eisfeld) und sakrale Gegenstände der Kirche (in kirchlicher Verwahrung). Ein 1994 gegründeter Förderverein Gedenkstätte Billmuthausen e.V. pflegt die Überreste der Dorfanlage. Er hat 1992 auf dem Friedhof einen Gedenkstein aufgestellt, 2004 eine Gedenkkapelle gebaut und ein Mahnkreuz errichtet. Der alte Transformatorenturm wurde rekonstruiert und der Dorfbrunnen wieder errichtet. Ein nahebei auf dem Finkenberg erhalten gebliebener Grenzwachturm ist dem Bund für Umwelt und Naturschutz Deutschland (BUND) überlassen worden, der ihn als Fledermausquartier unter dem Namen Artenschutz-, Forschungs- und Fledermauszentrum - Billmuthausen einrichtete. Zur Erinnerung an die Billmuthäuser Mühle ließ der Förderverein der Gedenkstätte im September 2005 einen drei Tonnen schweren Mühlstein aufstellen. Außerdem ist die Gedenkstäte durch drei neue Informationstafeln erweitert worden.
Die Inschrift auf dem Gedenkstein lautet:
“Hier stand von 1340 bis 1978 das Dorf Billmuthhausen. 1978 zerstört, die Einwohner vertrieben.”
www.billmuthhausen.de